そちらで納骨をしたら、費用はいかほどですかね？

合同墓の「納骨のみ」というコースであれば3万円です。
それ以外の費用はありません。

しかし、よくよくお話を聞いていると、
別のお寺に先祖代々のお墓があって、
そのお寺の檀家になっているとのこと。

その場合は納骨することができません。
まず菩提寺に相談するべきです。
しかし、

それができないからこうして相談してるんですよ〜。

何があったかは分かりませんが、
菩提寺には相談しにくいのですねぇ。（実はよくあること）

でも菩提寺に話を通すことは、
避けては通れないことなんです。（みなさん苦労されております）
事情を説明し、「困っている　悩んでいる」
という実情をありのままに伝えて欲しいと思います。
菩提寺の住職も相談に乗ってくれるはずです。